Федор Бондарчук родился в прославленной семье актера и режиссера Сергея Федоровича Бондарчука и актрисы Ирины Скобцевой. Воспитанием будущего деятеля кино занималась в основном бабушка, так как родители большую часть времени уделяли карьере. Мальчик окончил художественную школу и общеобразовательную школу с английским уклоном. Поступил во ВГИК на режиссерский факультет, но прервал обучение из-за призыва на воинскую службу в армию. Окончил институт в 1991 году.
Впервые актер снялся в фильме своего отца «Борис Годунов» в 1986 году. За свою актерскую карьеру сыграл разнообразные роли в более, чем 40 картинах, среди которых наиболее известными стали «Кризис среднего возраста», «Даун Хаус», «Гибель империи», «Статский советник». В 1993 году Федор дебютировал в качестве режиссера, сняв фильм «Люблю», но истинный успех пришел к Бондарчуку после выхода его полнометражного режиссерского дебюта – фильма «9 рота», который стал самым кассовым российским фильмом в прокате 2005 года. Следующими успешными режиссерскими работами Федора стали фантастический художественный фильм «Обитаемый остров» и военная драма «Сталинград».
Федор известен как популярный клипмейкер, который снял клипы для многих известных российских исполнителей, среди который Кристина Орбакайте, Анжелика Варум, Алла Пугачева, Владимир Пресняков, Валерий Меладзе, Филипп Киркоров.
В качестве телеведущего Федор Бондарчук принимал участие в игровом шоу «Кресло», реалити-шоу «Ты - супермодель», «Кино в деталях».
Является владельцем ресторанного бизнеса в Москве и Екатеринбурге, а также совладельцем кинокомпании «Art Pictures Studiо» и дистрибуционной компании «Art Pictures Media».
На протяжении 25 лет состоял в браке с моделью, актрисой и главным редактором русской версии журнала «HELLO!» Светланой Бондарчук. Однако в 2016 году пара объявила о разводе. У супругов есть двое детей: сын Сергей и дочь Варвара, а также две внучки: Маргарита и Вера.
Сейчас Федор Бондарчук состоит в романтических отношениях с молодой актрисой Паулиной Андреевой.
